Obwohl Merseburg seit 1846 einen Bahnhof besitzt, wirkt sein Bahnhofsgebäude relativ neu. Das erklärt sich aus den Bauprojekten der Nationalsozialisten, die den alten Bahnhof knapp 90 Jahre später für einen Neubau abrissen. Der ursprüngliche Holzbau der 1840er Jahre (eingeweiht von König Friedrich Wilhelm IV.) war im Laufe der Zeit – insbesondere in den Jahren 1882 bis 1907 und in den 1930er Jahren – ausgebaut worden, erhielt Anbauten und einen Turm. Da die Luftangriffe der Alliierten die Fundamente des Neubaus zerstört hatten, konnte man gleich 1946 mit dem Neubau beginnen. Das neue Bahnhofsgebäude wurde im Jahr 1956 eingeweiht.