Der Neptunbrunnen wurde im Zuge eines grundlegenden Neubaus des Merseburger Schlosses in dessen Innenhof errichtet. In für die Zeit typischer Bauform, ähnlich des Staupenbrunnens, wurde dieser jedoch deutlich aufwändiger und stilvoller gestaltet. Auf der Spitze des ursprünglich für die Trinkwasserversorgung errichteten Anlage befinden sich verschiedene Symbole der römischen Mythologie, über denen Neptun triumphierend seinen Dreizack gen Himmel regt.
Der Bezug zur römischen Mythologie ist vermutlich durch den Einfluss des römischen Kaiserreichs auf Mitteldeutschland zu begründen, wobei Neptun als Gott der Quellen hierbei eine Doppeldeutigkeit zukommt.