Die Kirche St. Thomae ist das Gotteshaus des Gebiets Neumarkt. Direkt an der Neumarktbrücke gelegen, wurde sie bereits 1188 in der Urkunde von Kaiser Friedrich I. Barbarossa erstmals erwähnt. Die Fertigstellung des romanischen Sakralbaus erfolgte um 1210, im Laufe ihrer Historie verschiedene Restaurierungen, so z.B. des Turms 1565 statt. Im Zweiten Weltkrieg erlitt die Kirche starke Schäden, 1973 wurde sie schließlich aufgegeben.
In den 1990er Jahren fanden umfangreiche Renovierungsarbeiten statt, bei denen u.a. der in der Vergangenheit um über zwei Meter angehobene Fußboden wieder rückgebaut wurde. Nachdem die Kirche als solche aufgegeben wurde, erfolgte eine Umsetzung des Altars und Taufsteins in die Stadtkirche St. Maximi. Heutzutage wird das Gotteshaus vor allem durch Pilger stark genutzt.
Der Patron der Kirche ist Thomas Becket, ehemaliger Erzbischof von Canterbury. Das Gotteshaus wurde als dreischiffige kreuzförmige Basilika mit westlicher Zweiturmfront gestaltet. Der Südturm, das nördliche Seitenschiff und die Apsis wurden im späten Mittelalter abgebrochen. Heute ist St. Thomae Station an der Straße der Romanik.
In der Kirche sind einige Kunstwerke integriert: